单细胞转录组测序

单细胞全转录组测序技术是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术。基于PCR的单细胞转录组扩增偏倚性较大;哈佛大学的谢晓亮院士推出的MALBAC单细胞转录组扩增技术灵敏度高,扩增均匀,重复度高;单分子测序错误率高。

单细胞全转录组测序

单细胞全转录组测序技术是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全转录组RNA进行扩增后进行高通量测序。

对单个细胞转录组的分析由Brady等[1]和Eberwine等[2]分别利用基于PCR技术的对单个细胞cDNA的指数扩增和基于T7 RNA连接酶体外转录(invitro transcription)的线性扩增进行了初步的探索。2006年,Kurimoto等[3]改进了单细胞cDNA扩增方法,将定向的PCR扩增与线性扩增相结合,对单个ESC进行了单细胞cDNA microarray分析,在高覆盖率和准确性的前提下,使基因表达的代表性和再现性都有了明显的提高。而随着测序技术的发展,Tang等[4]将单细胞cDNA扩增技术和新一代测序技术相结合而首次创立的单细胞RNA测序分析应用于单个小鼠的卵裂球,最终发现了芯片未检测到的5 200多个基因和1 800个可变剪切点。相比而言,单细胞cDNA microarray分析技术成熟,成本低廉,尤其适用于分析已知基因上调或下调的一般转录信息,但是该系统相对比较封闭,对于未知基因的检测无能为力,并且不能提供mRNA的确切长度和序列; 而单细胞RNA测序则是一个开放的系统,能够提供更加详细和准确的转录信息,尤其可对未知基因的转录进行检测,但是该方法价格昂贵,并且对于结果的分析需要强大的计算机系统提供保障。哈佛大学谢晓亮院士推出基于MALBAC技术的单细胞转录组扩增技术[5,6],可以对单个细胞、单条染色体或者0.5皮克的RNA进行高保真扩增,并且已经进行了商业化运作。最近发展的单分子测序技术无需逆转录酶和扩增步骤,但测序错误率高。我们相信随着技术发展这些局限性会逐步优化和改进。

图1:MALBAC技术原理

Word文档免费下载Word文档免费下载:单细胞转录组测序 (共2页,当前第1页)

你可能喜欢

  • 转录组分析
  • 基因组分析
  • 高通量测序应用
  • 转录组学
  • 质谱蛋白质组学
  • 测序原理
  • 中文手册

单细胞转录组测序相关文档

最新文档

返回顶部